自元代正式建都北京，大规模规划建设都城时起，四合院就与北京的宫殿、衙署、街区、坊巷和胡同同时出现了。据元末熊梦祥所著《析津志》载：“大街制，自南以至于北谓之经，自东至西谓之纬。大街二十四步阔，三百八十四火巷，二十九街通。”这里所谓“街通”即我们今日所称胡同，胡同与胡同之间是供臣民建造住宅的地皮。 当时，元世祖忽必烈“诏旧城居民之过京城老，以赀高（有钱人）及居职（在朝廷供职）者为先，乃定制以地八亩为一分”，分给迁京之官贾营建住宅，北京传统四合院住宅大规模形成即由此开始。
因为这种民居都是坐北朝南，由北房、南房、东西厢房四面围合而成，里面是一个中心庭院。故叫四合院。家庭的伦理道德和宗法观念在四合院中有充分的体现，早在周代，住宅建筑的功能就与礼制融为一体。北京四合院，包括较大规模的由多个四合院组套而成的王府，甚至故宫，都是礼制的反映，是礼制最充分的体现。
因此四合院内宅居住的分配是非常严格的，内宅中位置优越显赫的正房，都要给老一代的老爷、太太居住。北房三间仅中间一间向外开门，称为堂屋。两侧两间仅向堂屋开门，形成套间，成为一明两暗的格局。堂屋是家人起居、招待亲戚或年节时设供祭祖的地方，两侧多做卧室。
东西两侧的卧室也有尊卑之分，在一夫多妻的制度下，东侧为尊，由正室居住，西侧为卑，由偏房居住。东西耳房--可单开门，也可与正房相通，一般用做卧室或书房。东西厢房则由晚辈居住，厢房也是一明两暗，正中一间为起居室，两侧为卧室。也可将偏南侧一间分割出来用做厨房或餐厅。后罩房——中型以上的四合院还常建有后军房或后罩楼，主要供未出阁的女子或女佣居住。
四合院是由正房（一般是北房）、东西厢房和南房组成的一个独立的院落，正房旁有时还有东西耳房，有抄手游廊将四面的房子联接，可避风雨。北京的胡同一般是东西走向的，主要以走人为主，胡同北边的四合院门一般开在院子的东南角，南边的四合院门一般开在院子的西边角。四合院是北京地区典型的民居形式。
一般的四合院都有二进院落，大型的有三四进院落和花院，二进院落一般是在东西厢房之间建一道隔墙，外宅一般是工作人员居住的，内外宅之间一般建豪华的垂花门，垂花门内有影壁，只在有重大活动时才打开，旧时说的大户人家的小姐大门不出，二门不迈，既指此门，家中的男仆一般也不得进此门。街门比较简单，街门一般建在院子的左边。大型四合院最后一排正房为后罩房。
从这一点上来说，北京四合院可谓是封建社会的缩影。在这里试举一例，位于北京市东城区灯市口西街丰富胡同19号的老舍故居就属于典型的四合院。正房，也就是通常说的北房为老舍居住，他平时就在这里接见客人，看书，办公等等。而后照房则是老舍的太太居住的，她在这里看书，练字，很多时候他们的孩子也会到这来，所以他们的孩子把这间屋子亲切地称为“妈妈屋”。
东西厢房则居住着老舍夫妇的孩子，但东西厢房与正房不是直接连着的，而是由廊子，既转角的游廊连接的，这与南方的建筑是有很大的区别的。南方多是房子连房子的，没有游廊。
四合院虽为居住建筑，却蕴含着深刻的文化内涵，是中华传统文化的载体。四合院的营建是极讲究风水的，从择地、定位到确定每幢建筑的具体尺度，都要按风水理论来进行。
北京四合院，天下闻名。旧时的北京，除了紫禁城、皇家苑囿，寺观庙坛及王府衙署外，大量的建筑，便是那数不清的百姓住宅。 《日下旧闻考》中引元人诗云：“云开闾阖三千丈，雾暗楼台百万家。”这“百万家”的住宅，便是如今所说的北京四合院。
四合院的营建极讲究风水，风水学说，实际是中国古代的建筑环境学，是中国传统建筑理论的重要组成部分；四合院的装修、雕饰、彩绘也处处体现着民俗民风和传统文化，表现出人们对幸福、美好、富裕、吉祥的追求，如以蝙蝠、寿字组成的图案，寓意“福寿双全”；以花瓶内安插月季花的图案寓意“四季平安”；而嵌于门簪、门头上的吉辞祥语，附在抱柱上的楹联，以及悬挂在室内的书画佳作，更是集贤哲之古训，采古今之名句，或颂山川之美，或铭处世之学，或咏鸿鹄之志，风雅备至，充满浓郁的文化气息，有如一座中国传统文化的殿堂。
有一个道理，现在世界上的富人趋同，中国和美国的有钱人都穿Amani，都用路易威登，但独特的文化往往又是我们所说的穷人传承下来的，这就是为什么那么多的老外喜欢北京的胡同游，丽江古城成为人类的香格里拉的道理。
北京合院与各地合院之不同有下列各点： 以北京为主的周围地区用四合院，以中轴为对称，大门开在正南方向的东南方向，大门不与正房相对，也就是说大门开在院之东南。这是根据八卦的方位，正房坐北为坎宅，如做坎宅，必须开巽门，"巽"者是东南方向，在东南方向开门财源不竭，金钱流畅，所以要做"坎宅巽门"为好。因此北京四合院大门开在东南方向。这是根据风水学说决定的，只有北京周围才是这样做法，其它地方并非如此。
北京四合院讲究绿化，院内种树种花，确是花木扶疏，幽雅宜人。老北京爱种的花有丁香、海棠、榆叶梅、山桃花等等，树多是枣树、槐树。花草除栽种外，还可盆栽、水养。盆栽花木最常见的是石榴树、夹竹桃、金桂、银桂、杜鹃、栀子等等，种石榴取石榴“多子”之兆。至于阶前花圃中的草茉莉、凤仙花、牵牛花、扁豆花，更是四合院的家常美景了。
北京的四合院不仅反映着中国传统的宗法制度，也体现出“天人合一”的思想。“天人合一”的思想，揭示了人与自然、精神与物质、社会秩序与自然秩序、道德理性与自然理性、思维规律与自然规律的统一性。张载在《正蒙乾称》中说：“因明致诚，因诚致明，故天人合一，致学而可以成圣，得天而未始遗人。
”四合院符合自然规律的结构体现了这种天人合一的思想。得天时，有地利，材又美，工又巧，合此四者，才能称为良居，而四合院正是这样的良居。中国人居住的一个空间里边必须包含着一部分没有房子的庭院，这个院子是可以直通宇宙空间的，所以整个人生活在一个和大自然非常亲近的一个环境里边，也就是说，上升到哲学观点上，中国人对大自然的态度，天人合一的观念，决定了中国人住的是院子。
清代有句俗语形容北京四合院内的生活："天棚、鱼缸、石榴树、老爷、肥狗、胖丫头"，可以说是四合院生活比较典型的写照。这句话也体现出那种天人合一的思想境界。
