在北京四合院庭院设计元素中，最不能缺少的就是水和植物。不过，因为北京属于缺水的地区，因此水的使用比较少，绿化占比较大。也就是说，北京四合院水系设计的特点就是“少水多绿化”!
老北京的庭院非常重视绿化，规模较大的四合院往往另辟有花园。在明代的时候还是很讲究用水的，但是到了清代，随着城市的不断扩张，北京的水源也越来越不足，清朝廷公布了不准民间私引活水造园的规定，故北京清代的私园，除少数王府花园之外，极少凿池引水，再加上北京宅基地相对紧张，私园的规模也比较小，因此水景就越来越少了。
缺乏活水，却不能没有水，于是老北京人就会在四合院的中央摆上一只或数只很大的鱼缸，里面注入水，一是为了观赏，二是能够调节空气，第三还有防火的功能。在较大的私家花园中，偶尔有人工砌成的水池，一般也都是死水，功能和鱼缸差不多，不过观赏性无疑提高了许多。
比较有创意的，可以让死水变得有活性。一些庭院采用造景的手法，可以制造出似有活水的水景，如位于北京东城区帽儿胡同的可园，花园主体的中心砌有一形态自然的水池，面积虽然不大，但池水蜿蜒通向南边的假山山脚，似有源头活水一般，假山、游廊、亭、桥、花厅皆围绕水池布置，使可园具有了几分江南园林的秀色，成为北京现存私家园林中的佼佼者。
如今四合院庭院设计，采用活水造景依旧是个无法完成的项目，因此四合院水系设计用的依旧是死水。不过好在现在有喷泉装置，可以让庭院的水系“活”起来。更有追求者，采用人造假山的设计，其中通入水路，营造高山流水的效果，也很不错。
