古代最好用也最普遍的建筑材料是木头，因此四合院房屋的整体骨架和门窗都是用木头做的。正是如此，中国才会创造出来榫卯结构，才会出现梁柱这样的木架结构。目前，古建房屋的结构有抬梁式构架、穿斗式构架和井干式结构，那么四合院建筑是哪种结构呢?
基本上，古代四合院房屋所使用的结构是抬梁式结构(又称“叠梁式”)。抬梁式构架是在台基上立柱，柱上沿房屋进深方向架梁，梁上立短小的矮柱，矮柱上再架短一些的梁，如此叠置若干层，再最上层架上立脊瓜柱，这就是一组梁架。
在相邻两组梁架之间，用垂直与梁架方向，并且位于柱上部的水平联系构件“坊”，把两组梁架组合起来。每层梁的两端上面，垂直于梁架方向放置檩。檩不仅加强了梁架间水平方向的联系，构成稳固的组合构架，而且承受上部屋顶荷载。
抬梁式构架在四合院建筑上使用非常普遍，尤其是在中国北方。这是因为抬梁式可使室内柱子较少甚至是无柱。但是，抬梁式构架用料较大，耗费木材较多。而且这种构架基本上不采用三角形这种最稳定的构件组合形式，所以稳定性较差。
现在四合院设计，采用的基本都是钢筋水泥结构，没有木结构的缺点，居住更加舒适，造价也比木结构经济。因此，想要自建四合院，外形可以仿古，但建材还是现代的建筑材料为佳。
