北京四合院的出现，源自于北京城的规划和筹建。元代时，将北京定为了国都，开始规划建造都城。关于初期规划，据元末熊梦祥所著《析津志》载:大街制自南以至于北谓之经，自东至西谓之纬大街二十四步阔，三百八十四火巷，三十九街通。胡同与胡同之间是供臣民建造住宅的地皮。
当时，元世祖忽必烈“诏旧城居民之过京城老，以赀高(有钱人)及居职(在朝廷供职)者为先，乃定制以地八亩为一分”，分给迁京之官贾营建住宅，北京传统四合院住宅大规模形成即由此开始。
元代没多少年就灭了，蒙古人也被朱元璋赶出了北京城。而后朱棣即位，将都城再次定为北京，继续改变着北京四合院的样式。等到清代时，四合院在原基础上再次进行了改变，就成了我们现在看到的样子。
在清晚期，四合院再次有了极大的变化，很多西洋的建筑样式被添加进四合院中，比如西洋门楼之类的。不过，对于四合院整体来说，格局依旧没有什么改变。
对四合院破坏最严重的时期是新中国建立之后，因为居住需求的改变，四合院被改成了大杂院。后来因为城市化进程的加速，四合院也被拆除了不少。现如今，留存的四合院建筑不多了，主要分布在南锣鼓巷等地。
