北京城是元代开始设计建造的，但元代以前的北京地区的住宅没有留下多少遗迹，现存最早的四合院遗址是元代的“后英房”。到明代建都北京后，开始大规模规划建设都城，四合院与北京的宫殿、衙署、街区、坊巷和胡同就成为北京城特色的城市文化建筑标志了。
清朝定都北京后，大量吸收汉文化，承袭了明代北京城的建筑风格，对北京的居住建筑四合院也予以了全部继承。清王朝早期在北京实行了旗民分城居住制度，令城内的汉人全部迁到外城，内城只留旗人居住。这一措施使内城的第宅得到进一步调整充实。
清代最有代表性的居住建筑是宫室式第宅，这就是官僚、富商们居住的大中型四合院。清代是北京四合院发展的巅峰时期。自清代后期起，中国逐渐沦为半封建半殖民地社会，北京四合院的发展也逐步开始衰落。
清末至民国初年，在外族入侵和西方文化渗入的影响下，北京传统住宅建筑也受到一定影响。这个时期建造的四合院，受“西学东渐”之风影响较深的人为标榜自己为“新派”代表，也有一些在宅内兴建“洋楼”的例子。
总而言之，这时北京的传统民居基本保持了明清型制。到了抗战时期，民不聊生，北京很多独门独院的居民没有能力养更多房子，只好将多余的房子出租。独门独户的四合院开始变成多户杂居的大杂院，四合院的居住性质发生了变化。
新中国成立以后，北京传统四合院在使用上出现了根本性变化。由于所有制的变更，很多遗留下来的王府、宅院由私产变为公产，成为国家机关、学校、医院、工厂、幼儿园、俱乐部等公用住房，四合院固有的文化建筑被人所改造。一些仍作为住宅用的院落，变为多户居住的“大杂院”。这些用途变化，使四合院再难保持昔日的深邃、安谧、幽雅和温馨，四合院被分割、改造、瓜分成了普遍现象。
文革后，北京城市发展总体规划中确定了四合院保护方针，使上述恶化趋势有所控制，但紧跟而来的大规模旧城改造与四合院的保护出现了尖锐矛盾，建设性破坏时有发生，由于社会快速发展，现存四合院不足原来的十分之一了。
