四合院最鲜艳的部分就是那些随处可见的彩绘。之所以有彩绘，主要是为了延长木结构的使用寿命。四合院建筑很早就采用在木材上涂漆和桐油的办法，以保护木质和加固木构件用榫卯结合的连接，坚固与美观结合。
经过长期的实践，中国建筑在运用色彩方面积累了丰富的经验，极为善于运用鲜明色彩的对比与调和。房屋的主体部分、也即经常可以照到阳光的部分，一般用暖色，特别是用朱红色;房檐下的阴影部分，则用蓝绿相配的冷色。这样就更强调了阳光的温暖和阴影的阴凉，形成一种悦目的对比。
朱红色门窗部分和蓝、绿色的檐下部分往往还加上金线和金点，蓝、绿之间也间以少数红点，增强了装饰效果。这种色彩风格的形成，在很大程度上是与北方的自然环境有关。因为在平坦广阔的华北平原地区，冬季景色的色彩是很单调严酷的。在那样的自然环境中，这种鲜明的色彩就为建筑物带来活泼和生趣。
彩绘很有讲究，比如和玺彩绘是等级中的最高级，用于宫殿、坛庙等大建筑物的主殿，有金龙和玺、龙凤和玺及龙草和玺之分。在故宫等皇家院落常见这类彩绘，由于规格高，沥粉贴金显得金碧辉煌，熠熠生辉。等级上略次之的旋子彩绘用途更广，一般用于官衙、庙宇、牌楼和园林中。而住宅四合院则是常用苏式彩绘，一幅幅生动活泼的图案甚至可以连贯起来，形成完整的故事。
