四合院在中国有相当悠久的历史，早在商周时代，我们祖先的居住建筑就已采取了四合院的形式，岐山凤雏的西周建筑遗址，是迄今为止发现最早的一座四合院。此后，四合院建筑就一直延续下来，直到清朝末年。可见四合院建筑形式的形成和发展，在我国已经有两千多年的历史了。
元代建都北京，开始了大规模的城市建设，《元史•世祖本纪》记载：“昭旧城居民之迁京城者，以赀高及居职者为先，乃定制以地八亩为一分……听民作室”。于是，元朝的贵族、官僚就按此规定在大都城盖起一座座院落，院落与院落之间供人行走的通衢街道就是今天所称的胡同，胡同与胡同之间，就是大片的四合院住宅。四合院正式成为我国北方民居的主流建筑形式。
明王朝建立后，从南京迁都北京，分别从浙江、山西等处迁入数以万计的富户，社会经济发展较快，制砖技术空前发达，也促进了建筑业和住宅建设的发展。为维护封建秩序，明代对各阶层人士的居住建筑从制度、规模、色彩各方面均作了严格规定。为当时不同阶层人士营造宅第的有序发展，起到积极的作用。
清代定居北京后，大量吸收汉文化，完全承袭了明代北京城的建筑风格，对居住建筑四合院也全面继承。明清四合院与元代四合院相比较有明显的变异，这主要表现在院落布局的变化、工字形平面的取消以及占地面积的减少，这主要是由于明清时期北京人口增长较快，元代每户八亩地的大院落已不敷分配，明清四合院占地普遍较小，小者一亩，大者也不过三五亩。
清代后期，在列强入侵的影响下，市民经济状况每况愈下，很多原来住独门独院的居民已没有能力养更多的房子，只好将多余的房子出租，四合院开始大多变成多户杂居的大杂院。而文革的浩劫，更是四合院罹难最为严重的时期，“扫四旧”将四合院中精美的砖雕、木雕、石刻、彩绘尽行扫荡，无数价值极高的艺术品被毁于一旦，能得以幸存者为数寥寥。
