仰韶文化和龙山文化时期，社会处于阶级分化缓慢进行的过程中。当时即便居于统治地位的人物，所居住的房子也并无围墙或连体附属建筑。但随着社会成员之间地位差别逐渐加大，居于社会顶层的少数统治者为彰显崇高地位并保护自身安全，便建造了主体建筑高大宏伟、附属建筑四围封闭的大型宫殿，最初的四合院由此诞生。
西周时期，四合院的建筑格局已初具规模。其形制以木构架体系为主、砖石等建材为辅，平面呈方形、长方形以及扁方形院落式组合。例如陕西岐山凤雏的西周建筑遗址，平面呈矩形，南北中轴线上建有前堂、后室等主要建筑，轴线两侧建有厢房等附属建筑，成为中国建筑的最早的四合式建筑遗址。
春秋时期，中国处于封建社会阶段，代表地主阶级的士大夫阶层的经济条件较好的家庭为满足其生活需要，进一步改造四合院，形成了该时期四合院的基本结构：四合院的大门有 3 间，建筑中间有个门，门内东西两侧有堂屋，门内是庭院，北边是大厅，是主人生活起居、会见宾客的地方，大厅的东西两侧是东厢和西厢，大厅的后面是内室。
汉代的四合院组合规制整然。在四川出土的汉代画像砖可见回廊与重楼，晋代主屋两侧有东堂、西室的横列形式，其后住宅规模有所发展。东汉时期已使用了砖墙，并且为了缓和屋溜与增加室内光线，汉代的屋檐结构采用了向上反曲，屋角反翘的形式。
晋代主屋两侧有东堂、西室的横列形式，进一步丰富了四合院的布局。到了五代十国时期，割据局面使黄河流域受到很大的破坏，但江浙一带战争较少，经济与文化相当发达。住宅方面，为防止雨雪和日晒，在屋檐下加木质的引檐。
唐朝经济较为繁荣，直接影响着当时中国文化，建筑艺术也同样发展起来。乡村中的三合院和四合院为了更有效利用面积，在院子周围建造房屋;统治阶级的大型住宅仍沿袭六朝以来的传统方法，使用不经济的回廊。
相较于唐朝，宋代四合院的院落更加复杂，从清明上河图上可以了解，院子周围往往用廊屋代替木质的回廊，因而房屋的功能与结构以及四合院的造型都发生了变化，并且住宅与园林的结合更加密切。同时，这个时期格子门有了充分的发展，固定的直棂窗逐渐改为可以启闭的阑槛钩窗。当时的门窗和彩画的构图都盛行几何花纹，退晕也有了长足发展，这些使四合院的装饰更加丰富。
元代是中国历史上一个统一的封建大帝国，其疆域之辽阔堪称历代之最。元世祖忽必烈 “诏旧城居民之过京城老，以赀高(有钱人)及居职(在朝廷供职)者为先，乃定制以地八亩为一分”，分给前往大都的富商、官员建造住宅。特别是元代时期建造的居住性建筑，它的建筑风格、建筑特色和个性特点在元代基本上已经定型或已经十分成熟。
明朝时期，各民族之间的经济、文化交流更趋频繁，而且渐趋融合。同时对外交流日益扩大，北京的经济、文化发展更加广泛。这个时期的北京四合院建筑文化在元代住宅建筑的基础上发展变化，文化内涵更加丰富，无论在建筑布局、建筑技术、建筑形制还是建筑装修等方面都日趋成熟，成为北京四合院发展转折的重要阶段。随着人口的增长，四合院的规模也有所变化，以适应更多人的居住需求。
清朝时期，四合院得到了进一步的翻新改造。一些大型的四合院不仅建筑规模宏大，而且在装饰上更加精美，富有情调。如咸丰年间，砖雕风靡一时。北京四合院在如意门、屋脊、影壁等部位都普遍雕饰精细的图案。民国之后，北京的一些官僚资本家四合院住宅有游廊、穿廊，还附带花园，显得华丽富有。当时因崇尚欧洲风格，竟将四合院的门楼建成 “圆明园式”。还有很多的住宅改用洋式门窗，栏杆也风行瓶子式。新型民居还吸收了许多西式建筑技术，如企口木地板、灰板吊顶、百页门窗等。
四合院的诞生与发展，不仅反映了社会阶级的分化，也体现了中国古代建筑技术的不断进步。从简单的雏形到初具规模的建筑格局，四合院承载着历史的变迁和文化的传承。它见证了不同历史时期人们的生活方式和审美观念的变化，成为中国传统建筑的重要代表之一。
